後續發展

2004年8月24日立法院三讀通過《三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例》。由於條例部分內容侵犯五權分立原則（組成方式規定必須按照立法院中的政黨席位的比例來安置委員數量），此舉等同讓立法院多數席次的中國國民黨與親民黨經由過半數席次控制真調會，對民主進步黨不利，故行政院隨即提出覆議，然而失敗。民進黨立院黨團提請大法官釋憲，在此同時，總統依法公布該條例，卻違反憲政慣例加以批註，並拒派代表參與三一九槍擊事件真相調查特別委員會。隨後真調會即召開會議，執政的民進黨則發動行政機關行使抵抗權。

同年12月15日司法院大法官作成585號釋憲，認為真調會條例「部分違憲」，宣告違憲的條例如下：

1. 三一九槍擊案刑事責任偵查權專屬真調會
2. 全部案卷證物移交真調會
3. 真調會行使職權不受《國家機密保護法》、《刑事訴訟法》等法律規定限制
4. 不得以涉及國家機密等理由規避或拒絕說明
5. 真調會有權對相關人做出限制出境處分

此一釋憲否定以泛藍成員為主的真調會大部分的職權，但該會仍得以改組並繼續運作。此後的真調會沒有刑事調查權，而行政部門仍嚴令所屬機構拒絕配合。該會2005年1月17日公佈的調查報告，斷言槍擊案是一場「操作選舉」。對立的泛綠質疑，在失去調查權力後，真調會的結論是並無根據，並認為這樣的結論是「由政治動機出發所做的荒謬推斷，完全無法令人接受。」真調會則反駁，釋憲後重組的真調會是合法機構，行政部門阻礙其運作，才是導致該會無法推動業務之主因。

2007年4月，副總統呂秀蓮接受臺灣媒體訪問時公開指出，三一九事發當天她曾提出，由於自己與總統傷勢不重，應於包紮後即召開記者會安定輿情，為國安部門所拒。她同時聲稱總統府秘書長邱義仁把「三一九記者會開成那樣，害陳總統背黑鍋」。呂秀蓮堅稱該案絕無「作假」，但案發後的處理與調查都有疏失。她也不認同警方指陳義雄涉案的結論，她曾表態認為319槍擊案的真正目標並非陳水扁而是她。2008年中華民國總統選舉结束，吕秀莲在接受電視訪問時表示，新總統可以重新调查三一九事件，她的这个态度没有改变。呂秀蓮後來在發表「透視319」時，提出4種可能和七大瑕疵，這四種可能有：

1. 紅色（中國大陸），可能原因：消滅臺獨、打擊民進黨。不可能原因：應由職業狙擊手犯案，一槍斃命。
2. 藍色（泛藍），可能原因：阻卻陳呂連任，先下手為強使選舉延後，一旦暗殺成功，則選舉必須重新開始，然而綠色（泛綠）卻無其他人選能夠對抗連宋。不可能原因：沒有理由要殺副總統，且案發後連宋主動宣布停止競選活動，分別探視陳呂，展現一定善意。不過此點亦可視為連宋欲蓋彌彰意圖掩飾。
3. 綠色（泛綠），可能原因：為爭取同情拉抬選情。不可能原因：只要槍擊副總統即可，不必連總統一起挨槍。但是呂秀蓮表態認為319槍擊案的真正目標並非陳水扁而是她。
4. 黑色（賭盤或黑道），可能原因：選情後期翻轉，怕輸故鋌而走險。不可能原因：專案小組早排除此一可能，且陳義雄無簽賭嗜習。

七大瑕疵：

1. 槍彈出自唐守義製造？質疑點：真調會曾對兩者的製造方法與特徵尺寸提出專業質疑，唐守義也公開否認。
2. 陳義雄出錢買槍？質疑點：全憑陳義雄姐夫黃維藩的片面之詞。對陳義雄買槍的錢無法交代，槍枝至今也未尋獲。
3. 黃衣禿頭男出現槍擊熱區？質疑點：無人證實。黃衣禿頭男是否就是陳義雄，家屬的說法也前後不一。
4. 陳義雄的暗殺動機？質疑點：反扁挺藍就是槍擊案殺的強烈動機？陳義雄支吾其詞不等於默認犯案。
5. 陳義雄死因過分離奇？質疑點：應非意外落水，也非自殺。專案小組未查證陳義雄死前的行蹤；目擊者指稱看到陳義雄死前曾與3男1女現身安平港，專案小組卻以目擊者「眼誤」輕輕帶過，令人起疑。
6. 檢警一槍二彈說法？質疑點：專案小組似乎曲解李昌鈺原意，貿然認定陳義雄並無共犯，太過武斷草率。
7. 陳義雄0.63秒內連開2槍？質疑點：陳義雄無專業射擊能力，如何能在現場1千多名警力及隨扈保衛下，2槍2命中，案發後又從容逃逸無蹤？

2008年2月18日晚，李昌钰在出席国际青年领袖基金晚宴演讲时说，案发之后没有封锁现场是重大失误，但他根据车玻璃弹孔判断，“枪手要射的人并不是站在前面的那个人，而是后面那个人（即呂副總統）”。

2008年2月19日，在美国法医学年会回答记者提问时，李昌钰再度确认称：“枪案的第一颗子弹是45度的角度，从左向右斜着进入，弹道是非常明确朝向吕秀莲”，他没有办法确定枪手的动机，“但是开第一枪时有足够的时间准备，也有足够的时间瞄准，因此第一枪打谁最能表现枪手的意图”，而他判断枪手的目标是吕秀莲。

至于第二颗子弹，他表示，瞄准的不一定是陈水扁。他解释，枪手打完第一枪之后应该没有足够的时间瞄准，加上吉普车正在前行，所以弹道显示子弹是射向吉普车，但那不一定是射向陈水扁。因为“如果是以陈水扁为目标，为何不瞄高一点，射击头部呢？”不过，李昌钰鉴定陈水扁腹部所受伤的确是枪伤。

后来李昌钰再次否认了“动机说”，称记者误解他的意思，自己只对物证和弹道负责，不会去分析枪手的动机。李昌鈺辨称：“呂副總統中彈是結果，但他無法根據現場跡證推論出歹徒射擊的目標就是呂副總統，因為槍手可能槍法很爛，或者本來只想朝吉普車開槍，並沒有設定要打呂副總統或陳水扁總統”。但在之前的报道中，记者就已经有提到李昌钰说自己无法确定枪手的动机。

2005年9月，著名作家、历史学家李敖在参与凤凰卫视的《鲁豫有约》的节目（2005年9月22日播出）中指控，在CIA给他的一份李昌钰的侦办结果显示：三一九枪击案是“两个人、两把枪、两颗子弹（開兩槍）”，一个人是替罪羊（即陳義雄），另一个人是陈水扁自己安排的人，而不是现在所谓的“一个人、一把枪、两颗子弹（開兩槍）”。但是李昌钰是美國人，他在美国的指使下，没有把真相公布天下，而是把侦办的真实结果压下来。李敖在节目中表示：美国从此凭借手中掌握的三一九枪击案的真相为要挟，与陈水扁政府作政治交易，要求臺灣政府把6108亿臺币的天价军购案过关。^[21]

2012年，流亡海外的中國大陸作家與法學家袁紅冰在著作《被囚禁的臺灣》中稱，為因應陳水扁2000年當選中華民國總統後的情勢，中共便於2002年秋，“在胡錦濤主持下，由中共政治戰略專家辛旗設計出相應的對臺戰略「囚」戰略，企圖透過對臺灣的政治、經濟、文化、宗教、社會的全面滲透，以及同美國的‘國家核心利益’交換，最終用「買下臺灣」的統戰方式，把自由的臺灣置於中共專制的政治法律制度的管轄之下”，“中共總參二部製造三一九槍擊案的具體過程、透過慫恿發動紅衫軍運動，污名化陳水扁和民進黨政府，用司法迫害和政治誣陷強加在陳水扁身上的一切莫須有的‘罪名’”。

• 2005年3月19日，政治屬性泛藍的民众重新號召其支持群眾，至總統府前遊行抗議，《聯合報》、《中央日報》及國民黨黨部皆宣稱有30萬餘人參與該場遊行。相對的，臺北市政府警察局和《自由時報》則表示大約有3至4萬人名參與者。甫進行扁宋會的親民黨主席宋楚瑜則選擇不主動、但亦不反對其成員遊行。然而，此一決定造成親民黨及泛蓝内部嚴重爭議，引发了部分泛蓝支持者的不满。

• 曾於1998年獲得監察院委託重新調查孫立人將軍案的中央研究院近代史研究所學者朱浤源，案發後一年間自行研究案情，出版了《槍擊總統？》一書，認定該案疑點甚多，可能屬於假造。朱浤源當年就讀於台大政治系博士班的指導教授，即為前任國民黨主席與總統候選人連戰，泛綠方面認為他立場與背景明顯偏袒泛藍，懷有偏見，論據不足採信。仍宜以檢調和刑事局等專業和有公權力機構之調查為準。

• 2006年3月15日，319真相调查委员会出版《319枪击事件调查经过及感想》一书。

• 2007年3月，由立法院協調組成的三一九槍擊事件真相調查特別委員會召集人王清峰在事件三週年前夕指出，釋憲後的真調會為合法的立院調查權行使機構，行政部門三年來皆拒為配合。但王清峰認為，該會雖受行政單位違法妨礙執行公務，仍能得出政府「破案」無理之結論，但本案至今未曾宣佈破案。

• 2007年4月，副總統呂秀蓮接受台灣媒體訪問時公開指出，三一九事發當天她曾提出，由於自己與總統傷勢不重，應於包紮後即召開記者會安定輿情，為國安部門所拒。她同時聲稱總統府秘書長邱義仁把「三一九記者會開成那樣，害陳總統背黑鍋」。呂秀蓮堅稱該案絕無「作假」，但案發後的處理與調查都有疏失。她也不認同警方指陳義雄涉案的結論，她曾表態認為319槍擊案的真正目標並非陳水扁而是她。2008年中華民國總統選舉结束，吕秀莲在接受电视访问时表示，新领导人可以重新调查三一九事件，她的这个态度没有改变。呂秀蓮後來在發表「透視319」時，提出了4種可能和七大瑕疵，本條目上面的段落裡有詳述，這裡不做贅述。

• 2018年马来西亚大选期间，张盛闻表示，希望联盟5月8日全国直播马哈蒂尔穆罕默德演讲时，他不希望马哈迪上演陈水扁枪击案而影响选情。他因此呼吁警方加强保护马哈迪人身安全^[22][23][24]。

• 《綠色恐怖分子》，羅大佑2004年專輯《美麗島》曲目
• 《彈道》，2008年香港電影
• 《幻術》，2019年臺灣電影