蒙元时期

元朝时期成吉思汗完成对天山南北的政治统一。 ^[9]  十三世纪初 ，成吉思汗率军进入新疆后，击败了西辽，统一了西域地区。把他征服的地方分封给其子孙。 ^[4]  西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地即察合台汗国。另外元朝在今伊犁河流域曾设置阿里麻里（阿力麻里）行省，但不久就并入察合台汗国。又在阿姆河南岸曾设立行省，后并入伊利汗国。今乌鲁木齐一带曾设置别失八里行省，后一度被察合台汗国占据，后期重新成为元朝的辖地。 ^[18] 

回鹘人进一步同化、融合了部分契丹人、蒙古人。 ^[4]  1271年忽必烈建立了元朝，西域统归元朝政府管理。 ^[2] 

蒙古汗最初设立“达鲁花赤”（蒙古官名，意为镇守官）、“别失八里等处行尚书省”等军政管理机构，对西域进行军政管辖。元朝建立后，在发展西域各地社会经济的同时，在吐鲁番地区设立提刑按察司，以后，又在吐鲁番等地建立交钞提举司（印钞机构）和交钞库等机构，设置“别失八里元帅府”以总管派往该地的“新附兵”（元朝以俘降的南宋士卒组成的军队）屯垦事务，派兵到和阗、且末等地屯田，在别失八里设立冶场“鼓铸农具”。在畏兀儿（元朝称回鹘为“畏兀儿”）地区实行“计亩输税”。 ^[9] 

参见：瓦剌、俄力思军民元帅府、哈密卫

14世纪下半叶，明朝建立时在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设 置俄力思军民元帅府；1406年， 又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。 ^[9] 

而此时的西域地区并存东察合台国、吐鲁番王国、叶尔羌汗国、哈密王国、瓦刺汗国等政权，均为蒙古贵族后裔，其中以东察合台国最为强大。明朝政府为了统辖西域管理，特在哈密设卫，哈密卫作为明朝政府管理西域地区的最高行政和军事机构起着一定的作用。 ^[2] 

洪武三年（1370年）察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里（今吉木萨尔北破城子），永乐十六年（1418年）迁都亦力把里（今伊宁）。15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并，15世纪后半期后，西北诸卫全部丧失，明朝最后放弃新疆，退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。 ^[18] 

瓦剌，是明代对漠西蒙古的总称，初分布于叶尼塞河上游地区，后不断向额尔齐斯河中游、伊犁河流域扩展。十七世纪初，逐渐形成了准噶尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特四部。十七世纪七十年代，准噶尔占据伊犁河流域，成为四部之主，并统治南疆。 ^[4] 

参见：和卓、清朝治疆历史、回疆、准噶尔、大小和卓叛乱

清朝初年，西域为蒙古准葛尔部所统治，其首领为噶尔丹，他利用武力兼并了蒙古和 硕部和厄鲁特部，并把土尔扈特部排挤到了俄国的伏尔加河流域。 ^[2] 

18世纪初，准葛尔贵族乘机作乱，乾隆皇帝于1755年派出平叛大军，最后彻底消灭了准葛尔汗国，统一了西域。 ^[2]  乾隆帝把这片土地命名为“新疆”，取因“故土新归”之意。

准葛尔平定后，穆斯林教派的头面人物伊敏和依沙克，史称“大小和卓”于1757年又在库车成立了“巴图尔汗国”公开与清政府抗衡，分裂中国。1760年清政府派兵直捣大小和卓的大本营叶尔羌和喀什噶尔，再次平定了这次叛乱，统一新疆。 ^[2]  从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全伊斯兰化。 ^[2] 

1762年设立的“伊犁将军”统一行使 对天山南北各地的军政管辖，官府驻地在“惠远城”（今霍城县境），分设都统、参赞、办事、领队大臣管理各地军政事务。清朝政府依据“因地制宜”、“因俗施治”的原则，对天山北部汉、回族居住区实行郡县制管理；在伊犁地区和天山南部各地维吾尔族中维持当地的“伯克制”，但是伯克（突厥语音译，地方官吏称号）的任免权归于中央，并严格实行政教分离；对蒙古族和哈密、吐鲁番地区的维吾尔族则实行“扎萨克（蒙古语音译，意为支配者）制”，即册封王、贝子、公等世袭爵位。清朝政府在官员的任用方面还采取了以满族为主、各族官员并用的政策；经济方面，推行以农业为主，农牧并举的经济措施，采取减轻赋税，确定财政定额补贴制度等。清朝统治时期，新疆的社会经济得到了稳步的发展。 ^[9] 

1771年流放在伏尔加河流域的蒙古土尔扈特部落在其首领渥巴锡的带领下，历经八个月的磨难回到了中国，结束了长达近一个半世纪的流亡生活。 ^[2] 

1755—1757年，清朝统一西北地区，解除了哈萨克汗国来自准噶尔贵族的威胁。大 、中、小三个玉兹，曾先后表示归顺清朝，部分牧民迁回阿勒泰、塔城、伊犁地区放牧。清朝平定准噶尔后，要求归附的不仅仅是哈萨克和布鲁特，葱岭以西的各部落，如浩罕、今新疆西部的巴达克山、帕米尔、布哈尔、山克、塔什干、爱乌罕（阿富汗）等纷纷表示归附。 ^[18] 

十八世纪六十年代以后，清朝政府为进一步加强新疆边防，从东北陆续抽调满、锡伯、索伦（达斡尔）等族官兵驻防新疆，他们成为新疆少数民族中的新成员。以后，又有俄罗斯、塔塔尔等民族移居新疆。至十九世纪末，新疆已有维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、回、柯尔克孜、满、锡伯、塔吉克、达斡尔、乌孜别克、塔塔尔、俄罗斯共13个民族，以维吾尔族为主体，形成了新的多民族聚居分布格局。 ^[4] 

1820年到1828年，大和卓之孙张格尔在浩罕封建统治者与英国殖民者怂恿支持下，3次潜入南疆发动叛乱。 ^[18]