方舟子在密歇根州立大学
严格地说，方舟子的“生物化学家”头衔，只能是来自密歇根州立大学。因为他在中国科技大学学习的专业是细胞生物学，在两任博士后期间，他所研究的内容都属於分子生物学或分子遗传学领域。（一般来说，生物化学的研究对象是生物大分子，主要是蛋白质，而分子生物学的研究对象则是生物大分子中的核酸。所以说，广义的生物化学包括分子生物学，至少与后者有很大的交叉和重叠。）
那么，作为一个“生物化学家”，方舟子的成绩到底如何呢？按照目前国内流行的排名分段方法，方舟子到底应该被看做是几流科学家呢？对於这个问题，网上的议论确实不少，但是很少有人认真地作过研究。而学术研究与网上 “掐架”的区别，就在於这“认真”二字。也就是说，研究“方学”，必须从“认真”二字作起，只有这样，我们才能看到科学外衣下面的真实方舟子。
(1) “最聪明的学生，非常适合做科学研究工作”
2001年8月，方舟子在新语丝读书论坛上发了一个颇有影响的帖子，使人们对他在密歇根州大时的情况多少有些了解：
所谓“被导师劝说不适合呆在学术界做研究”
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送交者: 方舟子 于August 28, 2001 17:34:51:
这些骗子，居然连这种谣言都敢造。请他们提供我的导师这么说的任何证据。我不得不吹牛一下：我的导师认为我是他见过的最聪明的学生，非常适合做科学研究工作，在我申请博士后、研究基金时，都给予最强烈的推荐。我到Salk做博士后时，就只靠他的一封推荐信(一般情况下需要三个人的推荐)。由于他和其他人的推荐，我得到了一份研究艾滋病的基金。只不过，在日常交谈中，他有时劝我不要去当教授，因为他认为现在的教授和当秘书也差不多，整天写基金申请要钱。干脆说吧，他认为如果我去当教授，纯粹大材小用！我的导师对我现在从事的这些工作非常赞赏，恭维我是中国科学的良心。我出版的书，他还请系里的中国人摘要翻译。这些话，我本来不想说。但是既然骗子们居然连我的导师也要扯进来，说说也无妨。
方舟子善於自我誉扬，笔者在前面已经论及。但是，自我誉扬时还要来一个“不得不”，就未免做作得有些让人恶心了。果然，方舟子的这出自我誉扬戏演砸了。方舟子此帖刚出，一位笔名为JT的网友就专门写了一篇长达两千多字的评论，题目叫做《也谈方舟子“最聪明”“非常适合作科研”》。 这篇文章中，有这样一段话：
“1992的 Nature论文，方舟子排第六作者，属于极次要贡献者，列在简历上还可以，拿出去吹牛是没门的。1996年的JBC论文算是方舟子在博士期间的全部工作。JBC虽然是老牌杂志，但在生命科学的期刊里只算中等。美国虽然没有对博士毕业发表论文有硬性规定，但在读博士期间发表一篇第一作者的JBC档次的论文，只能算是达到博士毕业的下限，毕业及格而已，连中等都不太靠得上。我认识的中国学生中，读博士期间发表过CELL，NATURE，SCIENCE文章的绝不在少数。与这些人相比，方舟子这样的，居然也会被其导师夸成‘最聪明’‘非常适合作科学研究’工作，这种让人脸红到脖子的话大概有几种可能，一是方舟子自我吹嘘，抓住导师几句场面上的话反复自慰。二是方舟子的导师水平太差，拣到方舟子这样的五年只做出一篇JBC论文的学生居然都认为是‘最聪明’‘非常适合作科学研究’，真是这样，只好说方的导师实在有井底之蛙之嫌了。”(http:
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